| Titre : | Etude comparative des pénicillines et des thiazoles antibiotiques par la méthode QSAR |
| Auteurs : | Merzaka Lemchounchi, Auteur ; salah Belaidi, Auteur |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Editeur : | Université Mohamed Khider- Biskra |
| Langues: | Français |
| Langues originales: | Français |
| Mots-clés: | pénicilline,thiazole,thiazolopyridine,hydrophile,hydrophobe,modélisation moléculaire,conformation,relation structure-activé. البنسيلين,التيزول,التيزولوبيريدين,محب للماء,كاره للماء,النمذجة الجزيئية,الامتثال,العلاقة بنية-فعالية. |
| Résumé : |
Le présent travail concerne une recherche fondamentale sur la structure-activité dans des pénicillines antibiotiques et des thiazoles antibiotiques. Il est basé sur la modélisation moléculaire (QSAR, mécanique moléculaire, dynamique moléculaire, PM3 et Ab-initio). L`analyse conformationnelle des noyaux de base des pénicillines et des thiazoles montre que le noyau du thiazole a une conformation pseudo-plane et le noyau de la pénicilline a une conformation pseudo chaise. Dans les pénicillines disubstitués, le composé (6), diméthyl-5,6 pénicilline présente le plus faible gap HOMO-LUMO (9.30329ev/ PM3), donc il est aussi le plus actif chimiquement. Dans ce composé (6), diméthyl-5,6 pénicilline, les charges négatives les plus importantes se trouvent sur l’oxygène, mais l’azote N4 a la charge négative le plus importante (-0.293549), donc la position N4 est la plus privilégiée pour subir une attaque électrophile; ceci a pour conséquence la formation de pénicillines sulfonées, halogénées et azotées en N4. Le carbone C7 a une charge positive la plus grande (0.289868), ce carbone est le plus privilégié de recevoir une attaque nucléophile. Dans la série des pénicillines, la methicilline présente le coefficient de partage (Log P) le plus bas (-2.61), vient ensuite la pénicilline (-1.14), dans la série des thiazoles, la thiazolopyridine 140 présente le coefficient de partage (Log P) le plus bas (-1.26), vient ensuite la thiazolopyridine 128 (-0.50). Ces molécules sont les produits les plus hydrophiles ; Il se traduit par une meilleure tolérance gastrique. العمل الحالي يدخل في إطار بحث أساسي حول العلاقة بنية-فعالية للمضادات الحيوية البنسيلين و للمضادات الحيوية التيازول ,و هو يعتمد على النمذجة الجزيئيةQSAR ,PM3) , الميكانيكا و الديناميك الجزيئية .(Abinitio, التحليل ألامتثالي لنواة البنسيلين و لنواة التيازول اثبت أن نواة البنسيلين على شكل شبه كرسي و نواة التيازول على شكل شبه مسطح. في مركبات البنسيلين ثنائية المستبدل وجدنا أن المركب(6) ,د يمثيل5-6 بنسيلين يظهر القاب الأصغر HOMO-LUMO (9.30329ev/ PM3) إذن فهو الأكثر نشاطا كيميائيا.في هذا المركب (6) ,د يمثيل-5,6 بنسيلين الشحنات السالبة الأكثر أهمية توجد على الأكسجين و لكن ألا زوت N4 له الشحنة السالبة الأكثر أهمية (-0.293549) إذن هذه الوضعية N4 يفضل إجراء هجوم نيوكلوفيلي. هذا ما يفسر تشكيل لبنسيلين سيلفوني و بنسيلين هالوجيني و بنسيلين ازوتي في N4 .الكربون C7 يحمل الشحنة الموجبة الأكبر (0.289868) . هذا الكربون يفضل إجراء هجوم نيوكلوفيلي. في مجموعة البنسيلين: الميثيسيلين عنده معامل الفصل الأقل (Log P) (-2.61) ثم يليه البنسيلين(-1.14)و في مجموعة التيازول: التيزولوبيريدين140 عنده معامل الفصل الأقل(-1.26) (Log P) ثم يليه التيزولوبيريدين(-0.50)128 . هذه المركبات محب للماء و هذا ما يفسر أن لهم تقبلا معويا أفضل. |
| Sommaire : |
INTRODUCTION GENERALE 1 CHAPITRE I:Généralités sur les pénicillines et les thiazoles 6 I-1.Généralités sur les maladies infectieuses 7 I-2.Rappel sur les antibiotiques 8 I-2-1. Introduction 8 I-2-2.Définition 9 I-2-3.Utilisations des antibiotiques 10 I-2-4. Pharmacocinétique des antibiotique 10 I-2-4-1. Résorption 10 I-2-4-2 Diffusion 11 I-2-4-3. Elimination 11 I-2-4-4. Transformation in vivo 11 I-2-5. Classification des antibiotiques 12 I-2-6. Pharmacodynamique des antibiotiques 12 I-2-7. Résistance bactérienne aux antibiotiques 13 I-2-7-1. Résistance naturelle 13 I-2-7-2. Résistance acquise 13 I-2-7-3. Mécanisme de résistance 14 I-3.Les antibiotiques de bêta-lactamine 15 I-3-1. Introduction 15 I-3-2. Définition et utilisations 16 I-3-3.Les mécanisme de résistance 17 I-3-4 Mécanisme d'action et spectre d'activité 17 I-3-5.Classification des bêta-lactamine 18 I -3-6.Pharmacocinetique de bêta-lactamine 19 I -3-7 .Des exemples d’étude des pénicillines 20 I -3-7-1-Définition 20 I-3-7-2. Indications - spectre d’activité - résistances 20 I-3-7-3. Pharmacodynamique des pénicillines 20 I-3-7-4. Pharmacocinétique des pénicillines 21 I-3-7-5. Contre-Indications 21 I-3-7-6. Effets indésirables 21 I-3-7-7. Interactions 21 I-3-7-8. Précautions particulières 22 I-3-7-9.Reproduction et lactation 22 I-3-8. Pénicilline G et ses dérives 22 I-3-8-1.Pénicillines A, prodrogues, associations aux inhibiteurs des pénicillinases 23 I-3-8-2. Pénicillines M 24 I-3-8-3. Carboxypénicillines, uréidopénicillines, carbapénèmes et monobactames 25 I-4.Antifongique 25 I-4 -1.Les champignons 25 I-4-2.Définition d`antifongique 26 I-4-3.Spectre de mécanisme d' action 26 I-4-4.Indications 27 I-4-5.Effets Indésirables 27 I-5.Les arômes 27 I-5-1.Définitions physiologiques 27 I -5-2- Nature des arômes 27 I-6. Exemple d’étude de thiazole 28 I-6-1.Définition du thiazole 28 I-7.Références 28 CHAPITRE II:Modélisation moléculaire 30 II-1. Description de la méthode 31 II-1-2. Base de la chimie quantique 31 II-1-2-1. Equation de Schrödinger 31 II-1-2-2. Hamiltonien moléculaire 32 II-1-2-3. Fonction d'onde électronique 34 II-1-3.Comparaison sommaire des différentes méthodes 34 II-2.Representation des méthodes de calcul 35 II-2-1. Mécanique moléculaire 35 II-2-1-1. Introduction 36 II-2-1-2. Energie d’élongation 36 II-2-1-3. Energie de flexion 37 II-2-1-1-5. Energie de Van der Waals 39 II-2-1-1-6. Energie électrostatique 40 II-2-1-1-7. Adjonction de termes croisés 41 II-2-2. Dynamique moléculaire 42 II-2-2-1. Introduction 42 II-2-2-2 Principes de la dynamique moléculaire 42 II-2-2-1-3. Applications de la dynamique moléculaire 45 II-2-3. Simulations de Monte Carlo 45 II-2-3-1. Introduction 45 II-2-3-2. Principes de base des simulations de Monte Carlo 46 II-2-3-3. Analyse conformationnelle par la Monte Carlo 47 II-2-3-4. Quelques Applications de la Monte Carlo 48 II-2-4. Méthode quantique : Ab initio 48 II-2-4-1. Méthode Hartree-Fock 49 II-2-4-2. Méthode post-Hartree-Fock 50 II-2-4-3. Théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT) 51 II-2-5. Méthodes semi-empiriques 52 II-2-5-1. Introduction 52 II-2-5-2. Méthode semi-empirique (CNDO) 52 II-2-5-3. Méthode semi-empirique (PM3) 53 II-2-6. Méthodes de corrélation quantitative (QSAR) 54 II-2-6-1. Introduction 54 II-2-6-2.Volume et surface moléculaire 54 II-2-6-3.L`énergie d`hydratation 55 II-2-6-4. Paramètre de lipophilie 56 II-2-6-5. Polarisabilité 57 II-2-6-6. Paramètres associés à la topologie 1D 58 II-3.Methode de recherché des minima 58 II-3-1. Introduction 58 II-3-2. Algorithmes de minimisation 59 II-3-2-1. La méthode de "steepest descent" 60 II-3-2-2. La méthode du gradient conjugué 60 II-3-2-3. La méthode Newton-Raphson 61 II-3-2-4. La méthode du recuit simulé 61 II-4.Domaine d`application de la modélisation moléculaire 62 II-4-1. Introduction 62 II-4-2. Etude de structures 63 II-4-3. Interprétation de la réactivité 63 II-4-4. Analyse conformationnelle 63 II-5.Grandeurs dérives de l`énergie stérique 65 II-5-1. Enthalpie de formation 65 II-5-2. Energie de tension 65 II-6.Limitation de la modélisation moléculaire 66 II-7.Programmes utilises et matériels 67 II-8.Référence 67 CHAPITRE III Analyse conformationnelle des pénicilline et des thiazole 70 III-1.introduction 71 III-2. Comparaison structurale et électronique des noyaux de bases du thiazole et de la pénicilline 71 III-2-1. Le thiazole 73 III-2-2.Noyau de la pénicilline 75 III-3.Etude de l'effet du substituant sur le noyau de la base de la pénicilline et de thiazole 77 III-3-1. Substitution du noyau du thiazole 78 III-3-2. Substitution du noyau de la pénicilline. 82 III-4.Conclusion 87 III-5.Référence 89 CHAPITRE IV. Etude de la relation structure-activite dans les pénicilline et les thiazoles antibiotique 90 IV-1. Introduction 91 IV-2.Comparaison structurale des pénicillines et des thiazoles 92 IV-2-1. Comparaison des thiazoles 92 IV-2-2 . Comparaison des pénicillines 94 IV -3.Modeliation des conformations des pénicillines et des thiazoles a une interface hydrophobe/hydrophile 96 IV-3-1. Etude des paramètres amphiphiliques 96 IV-4.Conclusion 99 IV-5.Référence 100 CONCLUTION GENERALE 102 ANNEXE A 106 ANNEXE B 110 ANNEXE C 114 |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut | Emplacement | |
|---|---|---|---|---|---|
| TH/0135 | Mémoire de magistere | BIB.FAC.ST. | Empruntable | Salle de mémoires et de théses |
Documents numériques (1)
 Teste intégral URL |
Erreur sur le template
